Estoy de acuerdo con cheli, no conozco ningun software de este tipo para GNU/Linux.
Lo que si que hay es diversas soluciones de seguridad orientadas a servidores que implementan funciones de antivirus y anti-spyware.
Me explico, en la red local de nuestra empresa hay un servidor de correo electronico con un sistema GNU/Linux, que da servicio de email a unas estaciones de trabajo, que utilizan algun sistema operativo de microsoft... estos programas bloquearian los virus y spywares en el propio servidor, impidiendo que llegaran a los usuarios finales.
Si bien no existe un anti-spyware dedicado a GNU/Linux si existen anti rootkits, si bien no son lo mismo creo que siempre es una buena idea teneer instalado uno.