¿De que espacio estamos hablando?
Si se trata de poco espacio yo si que trataría de aislar ese sector, puede que se arregle o puede que no dependiendo del estado del disco y donde estén esos defectuosos.
El siguiente paso es el formateo a bajo nivel. ¿Es peligroso?, pues sí, un formateo normal también tiene su peligro, el de "bajo nivel" es un proceso más agresivo por lo que entraña mayor peligro; es por ello que se deja como "última opción"
Aquí encontrarás las diferencias entre el formateo a bajo nivel y normal
http://es.wikipedia.org/wiki/Formato_(disco)
Suerte